Le président de l’université, choisi parmi les enseignants chercheurs, est élu pour quatre ans par les membres du Conseil d’administration. Son mandat est renouvelable une fois. Le président anime la réflexion sur les objectifs de la politique de l’établissement. Il représente l’université auprès des autorités de tutelle, négocie avec l’Etat les termes des contrats d’établissement quadriennaux, sur la base des grandes orientations approuvées par le conseil d’administration. Il administre et gère l’établissement public : il préside les trois conseils, prépare et exécute leurs décisions ; il prépare le budget et soumet à délibération du conseil d’administration les grandes orientations budgétaires ; il est ordonnateur principal des recettes et des dépenses pour l’exécution du budget et partage, avec l’agent comptable, des responsabilités en matière de respect des règles financières de comptabilité publique ; il a autorité sur l’ensemble des personnels de l’université.

Il s’entoure d’un “bureau” qui peut être composé de vice-présidents (VP) des conseils, de chargés de mission (CR), etc.