science ouverte

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L'objectif de ce cours est de présenter les différentes étapes associées à la gestion de la donnée scientifique dans les champs de la Biologie et de la Bio-informatique. On abordera ces étapes sous l'angle technique tout en considérant les perspectives de science ouverte et de données FAIR qu'il est indispensable d'intégrer dans sa démarche.

Auteur(s) / Formateur(s): Olivier Collin - Plate-forme GenOuest, Univ Rennes, Inria, CNRS, IRISA
Production cours: Amélie Barrio - Urfist Occitanie, Viet Jeannaud - Callisto Formation
Public cible: chercheurs, Doctorants en biologie et bioinformatique
Date de publication: 17 September 2023
Durée estimée: 2h30
Prérequis: aucun
Licence: CC BY-NC-SA
Citation: Collin, O., & Jeannaud, V. (2023). La question des données en Bio-Informatique (Version 1). Callisto Formation.
DOI: https://doi.org/10.60538/DONNEES-BIOINFORMATIQUE.
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Nombre d'inscrits: 4
Catalogue: Yes
Thématique: Science Ouverte, Données de la recherche
Durée: Format long (> 1h30)
Type d'accès: Libre accès, Auto-inscription
Partenaire: DoRANum
Langue: Français

L'utilisation des données géospatiales connaît actuellement une croissance considérable. Elle joue un rôle de plus en plus important dans les domaines comme les services publics, l'environnement, l'urbanisme, la recherche, la gestion des ressources naturelles, la santé, l'administration des biens foncier, les réseaux de transport et d'énergie, etc.

Cette initiation vous permet d'avoir des notions basiques sur les données géospatiales : que sont les données géospatiales, les données vectorielles, matricielles (aussi appelées raster) et autres, les formats courants et leurs applications. Sont aussi évoqués des programmes de satellites d'observation et de surveillance de la Terre, la technologie LiDAR et les modèles MNT et MNE (Modèle Numérique du Terrain et d’Élévation). Enfin un diagramme évoque quelques pistes  pour trouver les données géospatiales en accès libre.

Category: Environnement
Auteur(s) / Formateur(s): Nicolas Roelandt - Université Gustave Eiffel, Marion Maisonobe - CNRS-Geographie-Cité
Production cours: Olivier Lu - Urfist Lyon, Viet Jeannaud - Fondation Callisto
Public cible: toute personne souhaitant s'initier aux données géospatiales.
Date de publication: 21 June 2024
Durée estimée: 1 heure 30
Prérequis: aucun
Licence: CC BY-NC-SA
Citation: N. ROELANDT, M. MAISONOBE and O. Lu, V. Jeannaud, “Gérer les données géospatiales" Callisto Formation, 2024.
DOI: https://doi.org/10.60538/comprendre-data-geo
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Nombre d'inscrits: 4
Catalogue: Yes
Thématique: Science Ouverte, Données de la recherche
Durée: Format moyen (1h - 1h30)
Type d'accès: Libre accès, Auto-inscription
Partenaire: DoRANum
Langue: Français

Nous vous présentons ici les raisons pour lesquelles il convient d'ouvrir les données de recherche, c'est-à-dire de les rendre accessibles publiquement, afin notamment de permettre la reproductibilité des expériences.

À l'aide d'exemples concrets, nous donnons un certain nombre de raisons (éthiques, pratiques, légales…) d'effectuer la mise à disposition dans des entrepôts de données accessibles à long terme. Nous donnons également quelques pistes afin de mettre à disposition les données de recherche en accès libre.

La présentation est avant tout destinée aux universitaires en informatique théorique mais, du fait des similitudes dans ces différents domaines, les personnes effectuant leur recherche en informatique en général ou même en mathématiques, devraient y trouver bon nombre d'informations utiles.

Category: Informatique
Auteur(s) / Formateur(s): Étienne ANDRÉ - Université Sorbonne Paris Nord, LIPN, CNRS UMR 7030
Production cours: Olivier Lu - Urfist Lyon
Public cible: toute personne effectuant des recherches en informatique théorique, ou plus généralement en informatique ou en mathématiques.
Date de publication: 22 November 2022
Durée estimée: 45 min
Prérequis: aucun
Licence: CC BY-NC-SA
Citation: É. André and O. Lu, “Ouvrir les données de recherche en informatique théorique : qu'a-t-on à y gagner ?” Callisto, 2023, doi: 10.60538/OUVRIR_DR_INFORMATIQUE_THEORIQUE.
DOI: https://doi.org/10.60538/ouvrir_dr_informatique_theorique
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Nombre d'inscrits: 4
Catalogue: Yes
Thématique: Science Ouverte, Données de la recherche
Durée: Format court (< 1h)
Type d'accès: Libre accès, Auto-inscription
Partenaire: DoRANum
Langue: Français

Ce cours examine en profondeur les cohortes en santé et l'utilisation des données d'imagerie médicale en recherche médicale. Il couvre les enjeux techniques, juridiques et éthiques de l'ouverture des données de cohortes, ainsi que les défis liés à l'évolution des librairies de programmation et de l'environnement d'exécution dans le contexte des pipelines de traitement.

Category: Santé publique
Auteur(s) / Formateur(s): Frédéric Cervenansky - UCBL Research Engineer | CREATIS
Production cours: Viet Jeannaud - Callisto Formation
Public cible: doctorants et ingénieurs en science des données médicales
Date de publication: 16 June 2023
Durée estimée: 1h
Prérequis: aucun
Licence: CC BY-NC-SA
Citation: Cervenansky, F., & Jeannaud, V. (2024). Cohortes en santé : données ouvertes en imagerie médicale (Version 1). Callisto Formation.
DOI: https://doi.org/10.60538/cohortes-sante
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Nombre d'inscrits: 4
Catalogue: Yes
Thématique: Science Ouverte, Données de la recherche
Durée: Format moyen (1h - 1h30)
Type d'accès: Libre accès, Auto-inscription
Partenaire: DoRANum
Langue: Français

Ce cours montre qu’il est possible de traiter et d’analyser des données couvertes par le secret statistique dans le cadre de travaux de recherche scientifique ou de statistique publique.

Auteur(s) / Formateur(s): Karine Onfroy - BSE-UMR CNRS 6060
Production cours: Pierrette Paillassard - DoRANum Inist-CNRS
Public cible: tout public
Date de publication: 31 March 2023
Durée estimée: 2h
Prérequis: aucun
Licence: Etalab (Licence Ouverte / Open Licence)
Citation: Onfroy, K. & Paillassard, P. (2023). Au-delà du secret statistique : comment accéder à des données confidentielles issues de la statistique publique ? Callisto Formation. DOI : http://dx.doi.org/10.13143/Z10J-YQ27
DOI: 10.13143/Z10J-YQ27
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Nombre d'inscrits: 4
Recours à une IA: Non
Catalogue: Yes
Thématique: Science Ouverte, Données de la recherche, Aspects juridiques
Durée: Format long (> 1h30)
Type d'accès: Libre accès, Auto-inscription
Partenaire: DoRANum
Langue: Français

netCDF permet la gestion de données scientifiques stockées sous la forme de tableaux. C’est un modèle de représentation des données qui s’applique bien pour structurer des données qui évoluent en fonction de certaines dimensions (temps, altitude, profondeur, latitude, longitude etc...). Il est recommandé pour les scientifiques et gestionnaires de données dans le cadre de la science ouverte par l’infrastructure de recherche Data Terra car il procure un cadre de standardisation international qui permet l’interopérabilité, la pérénnité et la réutilisation des données.

Ce cours est une introduction à netCDF. Il devrait vous permettre d'appréhender son fonctionnement et son utilité pour des travaux menés dans le cadre de la science ouverte.

Auteur(s) / Formateur(s): Maurice Libes - Service d'Observation OSU Pytheas
Production cours: Viet Jeannaud - Callisto Formation
Public cible: chercheurs, doctorants en climatologie, océanographie, météorologie, ou plus largement toutes personnes manipulant des données scientifiques stockées sous forme de tableaux
Date de publication: 1 October 2022
Durée estimée: 1h
Prérequis: aucun
Licence: CC BY-NC-SA
Citation: Libes, M., & Jeannaud, V. (2023). netCDF, format de fichier interopérable pour la science ouverte (Version 1). Callisto Formation.
DOI: https://doi.org/10.60538/NETCDF-INTRODUCTION-CALLISTO.
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Nombre d'inscrits: 4
Catalogue: Yes
Thématique: Science Ouverte, Données de la recherche
Durée: Format moyen (1h - 1h30)
Type d'accès: Libre accès, Auto-inscription
Partenaire: DoRANum
Langue: Français

Il s’agira de voir comment inscrire une recherche participative respectueuse des principes FAIR dans votre projet de recherche.

Auteur(s) / Formateur(s): Amélie Derobert, ISPEF/ Laboratoire ECP, Université de Lyon 2
Production cours: Pierrette Paillassard, DoRANum, Inist-CNRS
Public cible: tout public
Date de publication: 29 November 2022
Durée estimée: 1h30
Prérequis: aucun
Licence: Etalab (Licence Ouverte / Open Licence)
Citation: Derobert, A. & Paillassard P. (2023). Comment inscrire une recherche (action) participative respectueuse des principes FAIR ? Callisto Formation. DOI : https://doi.org/10.13143/AVVJ-H074
DOI: 10.13143/AVVJ-H074
Open badge: No
Nombre d'inscrits: 4
Recours à une IA: Non
Catalogue: Yes
Thématique: Science Ouverte, Données de la recherche
Durée: Format moyen (1h - 1h30)
Type d'accès: Libre accès, Auto-inscription
Partenaire: DoRANum
Langue: Français

Cette formation doit vous permettre d’approfondir de manière active et disciplinaire vos connaissances et compétences sur la gestion et le partage des données dans un contexte de science ouverte.

Selon vos parcours respectifs, vos niveaux de connaissances sur les sujets abordés dans ces différentes étapes seront sans doute variés. La première étape porte sur des aspects généraux qui doivent constituer un socle de départ. Les suivantes permettent de creuser les spécificités de la gestion des données de la recherche dans votre champ disciplinaire.

Category: FLSO
Auteur(s) / Formateur(s): Claire Tignolet, Noël Thiboud, Rapahëlle Bats, Amélie Barrio, Florence Thiault
Public cible: Doctorants
Date de publication: 3 September 2019
Mise à jour: 3 September 2026
Durée estimée: 18 heures
Licence: CC BY-NC-SA
Open badge: Yes
Nombre d'inscrits: 4
Catalogue: Yes
Thématique: Science Ouverte, Données de la recherche, Formation de formateurs, Communication / médiation scientifique
Durée: Format long (> 1h30)
Type d'accès: Libre accès, Inscription
Partenaire: Centre de ressources Urfist
Langue: Français

Cette formation vise à aider des personnes utilisatrices de notebooks computationnels tels que les Jupyter notebook, à mieux les inscrire dans une démarche de diffusion ouverte. Après un court rappel sur les notebooks et leur fonction avec des exemples tirés des SHS, un focus sera fait sur les aspects juridiques de la diffusion ouverte du code source avec des licences libres et Open Source.


Objectifs généraux

  • Produire des notebooks s’intègrant dans une démarche de science ouverte
  • Connaître les bonnes pratiques de diffusion pour faciliter la réutilisation à appliquer pour les notebooks
  • Se repérer dans les différents types de licences à associer aux notebooks pour le partage du code source
Auteur(s) / Formateur(s): Célya Gruson Daniel - Inno3, Clémence Lascombes - Inno3
Production cours: Viet Jeannaud - Fondation Callisto
Relecture: Mari Le Béchec - Université de Lorraine
Public cible: Utilisateurs de notebooks computationnels souhaitant les rendre disponibles selon les principes de science ouverte
Date de publication: 12 December 2025
Durée estimée: 30 minutes
Prérequis: Utiliser des notebooks (Jupyter notebook, suite Google Colab...), connaissances de base sur la science ouverte et les principes FAIR
Licence: CC BY-SA
Citation: Gruson-Daniel, C., & Lascombes, C. (2025). Diffuser un notebook selon les principes FAIR (Version 1). Callisto.
DOI: https://doi.org/10.60538/DIFFUSER-NOTEBOOK-PRINCIPES-FAIR
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Catalogue: Yes
Thématique: Science Ouverte, Aspects juridiques, Communication / médiation scientifique, Outils / logiciels
Durée: Format court (< 1h)
Type d'accès: Libre accès, Ressource éducative libre
Partenaire: Callisto
Langue: Français

Ce module de formation de formateurs est destiné à toute personne souhaitant améliorer son diaporama sur la science ouverte en y appliquant les principes FAIR. En effet, animer une formation sur cette thématique en étant soi-même pas ou peu producteur de jeux de données à FAIRiser permet ici d'avoir un exemple d'application en considérant son support de formation comme un jeu de données.

Auteur(s) / Formateur(s): Amélie Barrio - Urfist Occitanie
Production cours: Lucas Ricroch - Urfist Paris
Public cible: Formateurs et formatrices
Date de publication: 5 September 2025
Durée estimée: 3h
Prérequis: Aucun
Licence: CC BY-NC
Citation: Barrio, A. (2025). FAIRiser son support de formation (Version 1). Callisto.
DOI: https://doi.org/10.60538/FAIRISER-SON-SUPPORT-DE-FORMATION
Open badge: Yes
Nombre d'inscrits: 4
Catalogue: Yes
Thématique: Science Ouverte, Édition scientifique ouverte, Formation de formateurs, Accessibilité numérique, Outils / logiciels
Durée: Format long (> 1h30)
Type d'accès: Libre accès, Auto-inscription
Partenaire: Centre de ressources Urfist
Langue: Français

Ce cours a pour but de donner un panorama des questions que soulèvent la rédaction et la publication d'un data paper. Vous trouverez dans cet espace de cours des ressources ainsi qu'un accompagnement méthodologique dans la rédaction d'un data paper.

Objectifs :

à l'issue de la formation, vous serez en mesure de :

  • Appréhender les spécificités d'une publication de jeu de données.
  • Différencier les différents éléments composants un data paper.
  • Appréhender l'écosystème d'outils dédiés à la publication de jeux de données.
  • Identifier les questions à se poser dans le choix d'une revue ou d'un entrepôt de données.
  • Comprendre l'enjeu de standards de métadonnées partagés et lisibles à la fois par des humains et des machines.
  • Appréhender les particularités du processus de soumission d'un data paper.
 

Plan :

  1. Introduction
  2. Structure d'un data paper
  3. Ouvrir les données de la recherche
  4. Choisir une revue
  5. Sélectionner un entrepôt
  6. Affiner ses métadonnées
  7. Procédures soumission et évaluation
  8. Conclusion
Auteur(s) / Formateur(s): Mariannig Le Béchec - Université de Lorraine
Production cours: Lucas Ricroch - Urfist Paris
Public cible: tout public
Date de publication: 25 March 2025
Durée estimée: 2 heures 30
Prérequis: aucun
Licence: CC BY-NC-SA
Citation: Le Béchec, M. (2025) “Rédiger et publier un Data Paper.” Callisto.
DOI: 10.60538/REDIGER-PUBLIER-DATA-PAPER
Open badge: Yes
Nombre d'inscrits: 4
Catalogue: Yes
Thématique: Science Ouverte, Données de la recherche, Publications scientifiques
Durée: Format long (> 1h30)
Type d'accès: Libre accès, Auto-inscription
Partenaire: Centre de ressources Urfist
Langue: Français

The scientific world has embrace digital technology in its research, publication and communication practices. It is now technically possible to open up science to the greatest number of people, by providing open access to publications and - as far as possible - to research data.

This course introduces you to the challenges of Research Data Management and sharing (RDM) in the context of Open Science (OS).

It was created within the framework of the Erasmus+ Oberred project in 2019. Other courses from the Oberred project are available on this platform.

Auteur(s) / Formateur(s): Viêt Jeannaud, Nicolas Hochet, Yvette Lafosse, Pierrette Paillassard, Claire Sowinski, Coralie Wysoczynski, Marta Blaszczynska, Mateusz Franczak, Michel Roland, Tomasz Umerle, Beata Koper, Barbara Wachek, Lucas Ricroch
Public cible: everyone
Date de publication: 10 December 2022
Mise à jour: 10 November 2024
Durée estimée: 30 hours
Licence: CC BY-NC-SA
Open badge: Yes
Nombre d'inscrits: 4
Catalogue: Yes
Thématique: Science Ouverte
Durée: Format long (> 1h30)
Type d'accès: Libre accès, Auto-inscription
Partenaire: Centre de ressources Urfist
Langue: Anglais
  • Comprendre ce qu’est l’Open Science / la Science Ouverte 
  • Open Access et Open Research Data 
  • Appréhender les services et les outils associés 
  • Se familiariser avec les enjeux de l’Open Science.
Auteur(s) / Formateur(s): Amélie Barrio - Urfist Occitanie, Chloée Fabre - SCD UT2J, Roxane Mauillon - SCD UT2J
Production cours: Lucas Ricroch - Urfist Paris
Date de publication: 25 November 2021
Mise à jour: 4 March 2024
Durée estimée: 1 heure
Licence: CC BY-NC-SA
Citation: Barrio, A., Fabre, C., & Mauillon, R. (2021). La Science Ouverte, une introduction (Version 2). Callisto.
DOI: https://doi.org/10.60538/INTRODUCTION_SCIENCE_OUVERTE
Open badge: No
Catalogue: Yes
Thématique: Science Ouverte, Publications scientifiques
Durée: Format moyen (1h - 1h30)
Type d'accès: Libre accès
Partenaire: Centre de ressources Urfist
Langue: Français
Auteur(s) / Formateur(s): Amélie Barrio
Production cours: Lucas Ricroch
Date de publication: 21 January 2025
Open badge: Yes
Nombre d'inscrits: 4
Catalogue: No