En contrepartie de leurs obligations, la loi apporte aux fonctionnaires certaines garanties fondamentales :

• la liberté d’opinion politique, syndicale, philosophique ou religieuse, et la non discrimination de sexe, raciale, d’origine, de santé ou de handicap
• le droit syndical
• le droit de grève
• le droit à la participation à travers leurs représentants siégeant aux organismes consultatifs paritaires
• le droit à la protection morale, physique et pénale de la part de l’administration dans le travail.

Les fonctionnaires disposent également d’autres droits liés à l’exercice de leurs fonctions : droit à la mobilité (mutation ou détachement), accès à leur dossier administratif individuel, droit à rémunération après service fait, droit à congés (annuels, de maladie, de maternité, pour formation professionnelle ou activité syndicale), droit à la formation permanente et à des conditions décentes d’hygiène et de sécurité dans l’exercice des fonctions.