Résumé de section

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        Science ouverte et principes FAIR

        • La science ouverte vise à favoriser une diffusion des connaissances dès qu'elles sont disponibles, en utilisant les technologies numériques et collaboratives. Le libre accès (open access) est depuis longtemps au cœur des préoccupations de la science ouverte. Les données de recherche jouent un rôle essentiel et sont soumises à un ensemble de normes et de principes regroupés sous l'acronyme FAIR : Findable Accessible Interoperable Reusable (voir aussi le cours "C'est quoi les principes FAIR ?" - OSCAR INRAE). Les codes sources et logiciels ont quant à eux fait l'objet d'une attention plus tardive des politiques publiques en matière de science ouverte alors que le mouvement de l'Open Source et de logiciels libres est largement ancré dans des principes organisationnels, économiques et juridiques.

          Description dans la légende.

          Source : Doranum - Les principes FAIR

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        Le défi de la reproductibilité

        • Les notebooks ont souvent été cités comme facteur clef de la science ouverte en favorisant la reproductibilité. Si la "reproductibilité" des résultats est la principale qualité recherchée et mise en avant dans plusieurs études (Pimentel et al., 2021; Samuel & Mietchen, 2022), les travaux montrent qu'elle est loin d'être atteinte dans la plupart des notebooks disponibles publiquement, notamment sur GitHub .

          Pour parvenir à une reproductibilité ou une reproduction, il est important que les notebooks, les données et l'environnement de travail associé s'insèrent eux-mêmes dans les principes FAIR. Aujourd'hui, peu de notebooks respectent ces principes, par exemple il peut manquer une licence, un DOI ou les métadonnées sont incomplètes.

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        Vers des notebooks FAIR

        • Plusieurs chemins sont donc envisageables pour amener une meilleure prise en compte des critères FAIR dans les notebooks. Il peut s'agir par exemple de réfléchir aux enjeux d'accessibilité et d'indexation, notamment d'identification des versions des notebooks lors de l'archivage, ou de la réutilisation avec la mention de licences libres.

          La diffusion des notebooks participe au respect des principes FAIR en mettant à disposition :

          • votre notebook avec une licence libre et Open Source (cf. section 3 : Focus sur la diffusion ouverte via l'utilisation de licences libres);
          • vos données en les liant à votre notebook pour favoriser sa réutilisation.
        • Exemple de notebook FAIR

          Ci-dessous se trouve un exemple de notebook déposé dans l'entrepôt Zenodo. Les éléments mis en évidence par les icônes "+" précisent en quoi ils contribuent à respecter les principes FAIR.

          Yang, K., Meyer, A., Fischer, A., & Strutton, P. (2025). Global trends in ocean fronts: impacts on air-sea CO2 flux and chlorophyll concentrations - Jupyter notebooks (Python) used to reproduce figures. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.15581162