Diffuser un notebook selon les principes FAIR
Résumé de section
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Cette formation vise à aider des personnes utilisatrices de notebooks computationnels tels que les Jupyter notebook, à mieux les inscrire dans une démarche de diffusion ouverte. Après un court rappel sur les notebooks et leur fonction avec des exemples tirés des SHS, un focus sera fait sur les aspects juridiques de la diffusion ouverte du code source avec des licences libres et Open Source.
Objectifs généraux
- Produire des notebooks s’intègrant dans une démarche de science ouverte
- Connaître les bonnes pratiques de diffusion pour faciliter la réutilisation à appliquer pour les notebooks
- Se repérer dans les différents types de licences à associer aux notebooks pour le partage du code source
Ce cours est en libre accès. Aucune inscription n'est nécessaire.
Bonne lecture !
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Durée estimée : 10 minutes
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Les notebooks dits computationnels sont des supports numériques permettant d’intégrer des éléments de contenu (du texte), des éléments de programmation pour faire des traitements (du code produit dans différents langages comme du python, du R, etc.) et le résultat de ces traitements : des visualisations, des statistiques .
Exemple de notebook - Source : Émilien Schultz, GitHub
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Les notebooks sont largement utilisés au sein des communautés de recherche. Lors d’un focus group animé en 2024 et d’entretiens analysés en 2025, ce sont essentiellement les ingénieur.e.s de recherche qui intègrent les notebooks dans leurs pratiques de recherche. Les chercheurs et chercheuses interviennent dans un second temps et souhaitent avoir un document concis, clair et facile à réutiliser.
Visualisation adaptée de NOOS - Report on the focus group 'Uses and practices of notebooks in an open research approach'
Cependant, les communautés scientifiques déjà largement familiarisées à des outils de programmation, notamment en sciences et techniques (médicales, informatique, biologie) et les communautés plus éloignées de ces outils, comme les sciences sociales, ne vont sûrement pas utiliser de la même manière ces nouveaux outils.
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Durée estimée : 5 minutes
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La science ouverte vise à favoriser une diffusion des connaissances dès qu'elles sont disponibles, en utilisant les technologies numériques et collaboratives. Le libre accès (open access) est depuis longtemps au cœur des préoccupations de la science ouverte. Les données de recherche jouent un rôle essentiel et sont soumises à un ensemble de normes et de principes regroupés sous l'acronyme FAIR : Findable Accessible Interoperable Reusable (voir aussi le cours "C'est quoi les principes FAIR ?" - OSCAR INRAE). Les codes sources et logiciels ont quant à eux fait l'objet d'une attention plus tardive des politiques publiques en matière de science ouverte alors que le mouvement de l'Open Source et de logiciels libres est largement ancré dans des principes organisationnels, économiques et juridiques.
Source : Doranum - Les principes FAIR
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Durée estimée : 15 minutes
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Tout d’abord, le cadre juridique entourant les notebooks et leur environnement n’est que peu présent et abordé. En 2019, Schröder et al. montrent par exemple une absence majeure de licence sur des Jupyter notebooks avec au moins un tiers des ressources sans licences .
Chaque barre représente les notebooks utilisant une licence donnée (axe horizontal). Les couleurs indiquent la licence de l'article associé. La ligne verticale distingue les licences problématiques (gauche) des licences standardisées (droite). Source : Schröder et al., 2019
Lorsque des licences sont indiquées, les plus fréquentes sont la MIT, la GPL (sans nécessairement la version précise de la licence concernée) et la CC0. Les choix d’une licence ou d’une autre n’ont pas été justifiés. Le choix de la licence Creative Commons Zero (CC0) est peu commun dans le domaine de l’Open Source. Par ailleurs, il n'existe que peu de recommandations pour citer correctement le code source ou les données dans un notebook accompagnant une publication scientifique .
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Les licences reposent sur le cadre juridique de la propriété intellectuelle (PI). C’est toute la force des modèles ouverts (Open Source, open data, open access) de s’appuyer sur le cadre juridique de la PI, tout en l'utilisant de manière inclusive et ouverte : l’idée derrière les licences est de diffuser non pas en limitant, mais en fixant un cadre de partage possible. Pour cela, chaque licence détermine un ensemble précis d’autorisations et de modalités d’exploitation, définissant ainsi le cadre juridique applicable à la mise à disposition de l’œuvre. Les plus connues sont notamment :
- les licences Creative Commons
- et les licences open data telle que la “Licence Ouverte 2.0” utilisée par l’administration française
Les licences Creative Commons (CC) sont mondialement connues et utilisées par leur lecture facilitée par des pictogrammes. Toutes les CC ont en commun un socle contractuel qui permet l'utilisation de la ressource et du repartage. Les différentes conditions de partage présentées ci-dessous peuvent être combinées pour créer une licence personnalisée plus ou moins permissive (CC BY, CC BY-SA, CC BY-NC, CC BY-NC-SA...).
Attribution
(BY : citation de l'auteur·e)
Partage dans les mêmes conditions
(SA : share alike)
Pas d'utilisation commerciale
(NC : non commercial)
Pas de modification
(ND : non derivs) - les licences Creative Commons
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