Pour assurer la reproductibilité, la transparence en recherche et valoriser les logiciels auprès de la communauté scientifique, il est important d’associer publications, données et logiciels. Dans HAL INRAE, il est possible de lier ces éléments via des métadonnées, facilitant ainsi leur accès et leur réutilisation. De même, il est recommandé de citer les logiciels plutôt que de se limiter à citer l’article qui le décrit.

Les articles exécutables (ou executable papers) combinent texte et code pour rendre la recherche interactive et reproductible. Ils nécessitent une planification rigoureuse dès le début du projet, incluant l’utilisation d’outils comme Jupyter ou Quarto, le versioning (Git), et une documentation claire.

Enfin, les software papers sont des publications dédiées à la présentation de logiciels, décrivant leur développement, leur utilisation et leur potentiel de réutilisation. Publier un software paper permet de valoriser le travail des développeurs et des développeuses, de démontrer la robustesse du logiciel et de le rendre accessible sous une licence adaptée, favorisant ainsi son adoption et son amélioration par la communauté scientifique.